Em geografia um estuário é a parte mais larga e profunda da desembocadura de um rio no mar aberto ou no oceano, geralmente em zonas onde as marés têm amplitude ou oscilação. A desembocadura em estuário está formada por um sozinho braço largo e profundo em forma de embudo alargado. Costuma ter praias a ambos lados, nas que a retirada das águas permite o crescimento de algumas espécies vegetales que suportam águas salinas.
Os estuários originam-se porque a entrada de águas marinhas durante a pleamar, retém as águas do rio, enquanto durante a bajamar, todas as águas começam a entrar a grande velocidade no mar ou oceano, o que contribui a limpar e aprofundar seu cauce, deixando com frequência, grandes zonas de marismas .
As marés de maior amplitude no mundo têm lugar nos estuários do noroeste da França e, sobretudo, na costa oriental do Canadá (baía de Fundy , uns 16 metros). O rio Rance (França) tem um sistema de produção hidroeléctrica, usando a força das marés no estuário de sua desembocadura, tanto com a pleamar como quando se produz a bajamar. Os ecosistemas dos estuários costumam caracterizar-se por uma alta produtividade biológica e por sua grande biodiversidade.
Os estuários na zona equatorial são muito escassos, inclusive nos oceanos, devido à baixa amplitude das marés e à grande quantidade de sedimentos que arrastam os rios. É bem como a desembocadura do Níger, o Amazonas, o Orinoco e muitos outros rios próximos ao ecuador terrestre são deltas em vez de estuários, apesar de encontrar-se em oceanos abertos.
Um exemplo de estuário é o Mar da Palha, parte-a final e mais larga do rio Tajo, em cuja margem se situa a cidade de Lisboa . Outro exemplo é o formado pelo Rio da Prata, fronteira entre a República Argentina e a República Oriental do Uruguai.
Em alguns casos, os pastores de ovelhas na costa francesa do oceano Atlántico aproveitam para levá-las a pastar durante a bajamar nestas zonas (vegetación halófila), dando origem a uma concentração bastante grande de sal em sua carne que é muito preciosa (mouton pré salguei).