Jayapura (Indonésio: Kota Jayapura) é a capital da província de Papúa , Indonésia, na ilha de Nova Guiné. Sua população aproximada, no ano 2002 era de 200.000 pessoas.
A cidade está situada na baía chamada Teluk Yos Sudarso (dantes conhecida como Baía Humboldt).
Desde 1910 até 1962 a cidade era conhecida como Hollandia e era a capital do um distrito do mesmo nome, ao nordeste de Nova Guiné Ocidental. A cidade foi renomeada como Kota Baru em uma cerimónia de de as Nações Unidas, o 1 de maio de 1963 .
Parte-a norte da Nova Guiné Holandesa estava ocupada pelas forças do Império Japonês em 1942 . As forças Aliadas expulsaram aos japoneses após uma invasão anfibia a Hollandia, entre o 21 e o 27 de abril de 1944 . A área serviu como cuartél para o General Douglas MacArthur que conquitó Filipinas em março de 1945 . Sobre vinte bases norte-americanas estabeleceram-se e meio milhão de estadounidenses chegaram à área.
Em 1945, os Países Baixos fizeram de Hollandia a capital de Nova Guiné Holandesa. Depois o território passou a mãos das Nações Unidas, o 1 de outubro de 1962 , a cidade passou a ser conhecida como, em idioma indonésio, Kota Baru, e reteve o nome quando Indonésia tomou o controle, o 1 de maio de 1963 . A cidade foi renomeada, por um breve tempo, como Sukarnopura, pelo Presidente Sukarno, até o final do ano 1968, quando adquiriu seu nome actual. O significado literal de Jayapura é Cidade da Vitória' (Sánscrito jaya: "vitórias militar"; pura: "cidade").
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