John Ernest Walker (Halifax, Inglaterra, 7 de janeiro de 1941 ) é um químico inglês galardoado com o Prêmio Nobel de Química do ano 1997.
Estudou física, química e matemáticas no St Catherine's College, dependente da Universidade de Oxford, onde se doctoró em 1965 .
Durante sua estadia em Oxford iniciou sua colaboração com Edward Abraham a respeito dos péptidos como antibióticos, bem como também se interessou na biologia molecular. Após trabalhar entre 1969 e 1971 na Universidade de Wisconsin e de uma estadia na França entre aquele ano e 1974, entrou a trabalhar na Universidade de Cambridge. Ali conheceu a Fred Sanger e Francis Crick. Ao lado destes realizou análise de sequências de proteínas e pôde descobrir o código genético modificado do mitocondrio, e em 1978 decidiu aplicar métodos químicos da proteína às mesmas proteínas da membrana.
Em colaboração com o químico estadounidense Paul D. Boyer tem desenvolvido métodos para estudar a síntese química das enzimas que catalitzan a adenosina trifosfato, o principal aportador de energia aos organismos.
Em 1997 foi galardoado, junto com Paul D. Boyer, com a metade do Prêmio Nobel de Química pela descoberta da síntese da molécula da adenosina trifosfato. A outra metade do prêmio recayó no químico dinamarquês Jens Christian Skou pela descoberta da enzima transportadora de iones de sodio e potasio, a bomba sodio-potasio.