San Francisco Gotera é uma cidade de El Salvador, cabeceira departamental do nor-oriental departamento de Morazán , situada a 169 Km da capital, San Salvador, e a uma altitude de 420 msnm.
Tem uma população aproximada de 20,969 habitantes, (est. 2006). Com uma extensão territorial de 59.76 Km², o município divide-se em 6 cantones e 27 caseríos. Fundada como povo de índios na época colonial, recebeu o título de cidade, o 8 de fevereiro de 1877.
A actividade económica caracterizou-se até a década de 1980 por um intenso comércio de produtos agricolas, os artesanatos de jarcia e tule, foram tradicionais do município, mas estes produtos têm sido relegados nos últimos anos pela elaboração industrial dos mesmos com materiais sintéticos.
A população da cidade viu-se triplicada com o éxodo de deslocados da zona norte pelo conflito armado durante os três primeiros anos da guerra civil, em sua maioria dos municípios de Torola , San Fernando, Perquín, Arambala, Joateca, Jocoaitique, O Rosario, e Meanguera, particularmente em 1981, os quais em sua maioria se erradicaram na periferia da pequena cidade triplicando também sua área urbana.
Para o período 2006-2009, o prefeito municipal é Carlos Calixto Hernández do PDC. A cidade é a sede do Clube Desportivo Vista Formosa da Primeira Divisão do Futebol salvadoreño.
Coordenadas: